根据《国务院关于职工工作时间的规定》第五条规定：“因工作性质或者生产特点的限制，不能实行每日工作8小时、每周工作40小时标准工时制度的，按照国家有关规定可以实行其他工作和休息办法。”这个“其他工作和休息办法”，就是“特殊工时制”。
根据《特殊工时管理规定》第八条规定，特殊工时可以制按周、月、季度、年为工时计算周期来申请。
根据《特殊工时管理规定》第十二条规定，申请特殊工时制，由人力资源和社会保障部门审批。比如部分企业受淡季、旺季影响，会在前两个月上连续上很多班，第三个月基本不上班；部分企业每天不用上满8小时，但是每周必须上六天班；部分企业的工作是一阵一阵的，上四天休三天但每天要加班——这些都是特殊工时制，要经当地人社局审批。
那特殊工时制下怎样才算加班呢？
根据《特殊工时管理规定》第九条，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间。
例如：以周、月、季度、年为周期的法定标准工作时间分别为40小时（5天/周×8小时/天）、166.64小时（20.83天/月×8小时/天）、500小时（62.5天/季×8小时/天）、2000小时（250天/年×8小时/天）【1】。这个周期内单位的班可以与工会和劳动者协商怎么上，但是周期内的工作时间就只能是这么多（与标准工时制一致），超过了就算加班。而且要注意，加班有限制，这规定在《特殊工时管理规定》第九条第二款：“综合计算周期内延长工作时间的最高限额分别为：以周为周期的，
不得超过15小时，且每月不得超过36小时；以月为周期的，不得超过36小时；以季度为周期的，不得超过108小时；以年为周期的，不得超过360小时。”此外还要保障劳动者的休息，这规定在《特殊工时管理规定》第十条：“在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者，每日最长工作时间（含正常工作时间和延长工作时间）不得超过11小时。企业应当保证在实行综合计算工时工作制岗位上工作的劳动者每两周至少有一个连续24小时的休息日。”
举例：某企业经劳动行政部门批准以季为周期综合计算工时（如上文所算，总工时应为500小时/季）。该企业因生产任务需要，经商工会和劳动者同意，安排劳动者在该季的第一、二月份刚好完成了500小时的工作，第三个月整月休息。问：该企业这样做是否合法？有没有延长工作时间？
答：合法。没有延长工作时间。只是对于这种打破常规的工作时间安排，一定要取得工会和劳动者的同意，并且注意劳逸结合，切实保障劳动者身体健康【2】。
那特殊工时制下的加班费怎么计发呢？
答案是：根据《特殊工时管理规定》第十一条，在综合计算周期内，如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间，支付不低于工资的150%的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的300%的工资报酬。——注意，特殊工时制因为轮班轮休，只计算总工作时间，所以没有休息日一说，休息日上班自然也没有200%工资。但法定节假日无可替代，所以法定节假日上班的计薪方式与标准工时制一致，依然是300%工资。
【1】根据《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》（劳社部发［2008］3号）的规定，当前年工作日为：365天/年－104天/年（休息日）－11天/年（法定休假日）=250天/年；季工作日：250天/年÷4季=62.5天；月工作日：250天/年÷12月=20.83天。按每天8小时计算，即可算出以周、月、季度、年为周期的法定标准工作时间。
【2】例子和解答来源：《劳动部关于职工工作时间有关问题的复函》（劳部发[1997]271号）第六点。